Ważnym elementem w produkcji kawy jest jej obróbka. Tak jak od uprawy czy od palenia ziaren, tak również bardzo dużo zależy od etapu znajdującego się pomiędzy tymi dwoma czynnościami. Wyróżnia się dwa rodzaje obróbki. Na sucho i na mokro.
W przypadku obróbki na sucho, zebrane owoce rozkłada się na słońcu lub też w suszarniach. Tam schną powoli przez około trzy tygodnie. W tym czasie muszą być ciągle przewracane. Należy też pilnować, by w razie nagłych opadów deszczu nie zamokły, jeśli suszenie odbywa się na wolnym powietrzu. Na taką ewentualność przykrywa się zbiory nieprzemakalnym brezentem lub magazynuje do czasu poprawy pogody. Po dokładnym wysuszeniu owoce są pakowane do worków i wysyłane do dalszej obróbki. Polega ona na oddzielaniu ziarna od suchych łusek. Najczęściej robią to specjalne młockarnie. By jak najdłużej zachować świeżość kawy przeprowadza się ten proces tuż przed załadunkiem i wysyłką.
Inaczej wygląda obróbka na morko. Teoretycznie uważa się ją za lepszą, gdyż daje lepszą gatunkowo kawę. Jednak nie zawsze można ją przeprowadzać, bowiem w tym wypadku wszystkie owoce muszą być dokładnie tej samej wielkości i tak samo dojrzałe, Oznacza to, że o wiele więcej uwagi trzeba poświęcić zbieraniu i doborowi poszczególnych partii. Nim przejedzie się do takiej obróbki zwykle owoce są dokładnie ważone oraz sprawdza się, czy nie ma wśród nich żadnych ciał obcych (kamyki, drwa), które mogłyby uszkodzić mechanizmy maszyn. Miąższ owoców musi być wystarczająco miękki. Te z nich, które zostają w tym procesie odrzucone przeznacza się na gorsze rodzaje kaw i poddaje obróbce na sucho.
Po takiej selekcji wybrane owoce są wrzucane do maszyny tarczowej lub bębnowej, w której specjalnie ustawione pod kątem ostrza oddzielają ziarna od miąższu i skórki. Chodzi przy tym o to, aby wysokość i kąt ustawienia odpowiadał danej partii i nie kaleczył ziaren. Później płucze się całość i ostatecznie usuwa resztki owoców. Po tym procesie jeszcze raz myje się ziarna dokładnie pod bieżącą wodą.
Po tych operacjach ziarna pozostają w delikatnych błonkach, które usuwa się w procesie fermentacji. Do kadzi z wodą wrzuca się ziarna, a następnie dodaje specjalnych enzymów wywołujących fermentację, a jednocześnie zapobiegających gniciu. Fermentację można zastąpić wypłukiwaniem, lecz w tym wypadku nie wolno używać zbyt wiele razy tej samej wody, gdyż można popsuć smak kawy, która jakby przesiąknie aromatem cebuli. Jest to wywołane rozwojem kwasu propionicznego. Całość procesu kończy suszenie ziaren oraz ich pakowanie.